神奇宝贝太阳剧透慎入！回到尼比市的小刚回到家，被皮卡丘告知主人小智失踪的消息。可怜的皮卡丘，只留下小智每季一换的遮阳帽做纪念，作为小智的好友，小刚毅然决然地和侦探皮卡丘一起出发去寻找小智。在寻找的过程中，两人遇到了小霞和她的可达鸭，以及没被小霞收服但一直跟着他们的胖丁，令人高兴的是，小霞终于攒够钱，代步工具由自行车换成了汽车，为寻找小智的旅程减少了很多阻碍。显而易见的是，小霞的代步车在这部电影中又坏了，几人飞出车外，好在没有受多大伤。寻找小智的过程中，小刚还遇到了渡边谦饰演的大木博士。而走散的小霞遇到了一个火箭队的光头坏人，好在胖丁唱歌救了她。最终，侦探皮卡丘从小智妈妈的吸盘魔偶那里得知了一个惊天的阴谋，很多优秀训练家失踪了，而他们的神奇宝贝被洗脑为火箭队的打手。而这一切竟然和大木博士有关，这究竟是人性的扭曲，还是道德的沦丧！最终的最终，皮卡丘不得不和昔日的伙伴被洗脑的喷火龙决一死战，皮卡丘最后是否会夺得胜利呢？ps.海报上有M2彩蛋，预计超梦会出场哦。